La obra narra las aventuras de Sakura Kinomoto, una pequeña niña de diez años que accidentalmente libera un conjunto de cartas que se encontraban dentro de un libro, el cual había descubierto en la biblioteca de su padre. Tras esto, Kero —el guardián del libro— emerge y, al enterarse de que la mayoría de las cartas conocidas como las «cartas Clow» se habían esparcido por todas partes, le dice a Sakura que ahora es su responsabilidad convertirse en una «cardcaptor» e ir en busca de ellas para evitar que ocurra una «catástrofe» en el mundo. Por lo tanto, Sakura adquiere habilidades especiales para así enfrentarse a los poderes mágicos de cada carta y lograr capturarlas y sellarlas. Kero se vuelve el guía y mentor de Sakura durante la búsqueda, mientras que su mejor amiga, Tomoyo Daidōji, le confecciona una gran variedad de trajes, ya que, según ella, «debe llevar un atuendo especial para cada ocasión especial». Además, Tomoyo suele registrar las batallas de Sakura con su videocámara.[19]
A medida que avanza la historia aparecen nuevos personajes, como el rival de Sakura, Shaoran Li, un chico originario de Hong Kong y descendiente del mago Clow Reed —el creador de las cartas, de allí el nombre de las mismas—. Sin embargo, logra entablar una amistad con esta que poco a poco se va transformando en amor. Asimismo, se descubre que Yukito Tsukishiro, el mejor amigo de Tōya —hermano mayor de Sakura—, es el otro guardián de las cartas y cuya verdadera apariencia es un ser parecido a un ángel blanco y su nombre real es Yue. Además, Yue es el que juzga quién será el próximo amo de las cartas Clow, y en este caso fue Sakura quien se convirtió en la nueva ama y guardiana de estas.
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