Edward Elric está preso do outro lado do Portal, em um mundo onde não pode usar alquimia. Lá, ele encontra pessoas que lembram aquelas de seu passado, incluindo uma versão de seu irmão Alphonse. Com a ameaça de uma invasão alemã em seu mundo original se aproximando, Ed precisa encontrar uma maneira de detê-la, enquanto Al luta para se reunir com seu irmão perdido.

Perseguindo um alquimista fugitivo, Edward e Alphonse Elric chegam ao oprimido vale de Milos. Lá conhecem Julia Crichton, uma jovem que lidera a resistência para recuperar sua terra de Creta. Envolvidos em guerra, política e o mistério da Pedra Filosofal, os irmãos precisam decidir de que lado estão.